Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) diĀ  IAIN Padangsidimpuan merupakan sistem yang berjenjang. Penjaminan mutu tingkat institut dilaksanakan oleh Rektor/Wakil Rektor dan dibantu oleh Lembaga Penjaminan MutuĀ  (LPM) IAIN Padangsidimpuan. Unsur organisasi penjaminan mutu di tingkat Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan dilaksanakan oleh Dekan/Wakil Dekan dan dibantu Gugus Penjamin Mutu (GPM) . Sedangkan, organisasi penjaminan mutu di tingkat Program Studi terdiri dari ketua program studi dan dibantu oleh Unit Penjamin Mutu (UPM). GPM dan UPM yang dipilih melalui seleksi dan ditunjuk berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Padangsidimpuan setiap tahunnya. Kegiatan sistem penjaminan mutu internal yang dilaksanakan di Institut/Fakultas/Program Studi mengacu pada pola Penetapan Standar Mutu, Pelaksanaan, Evaluasi Standar Mutu, Pengendalian Standar Mutu, dan Peningkatan Standar Mutu (PPEPP).

Kegiatan Monev FTIK IAIN Padangsidimpuan, Rabu 11 Mei 2022 di Ruang Rapat FTIK IAIN Padangsidimpuan. Kegiatan ini langsung dihadiri oleh Tim Monev dari LPM IAIN Padangsidimpuan. Dr. H. Akhiril Pane, M.Pd sebagai Ketua LPM memberikan pesan bahwa kegiatan Monev merupakan kunci dalam mencapai sebauah mutu yang ada di FTIK IAIN Padangsidimpuan. Untuk itu sebagai bentuk realisasi maka monev harus terus digelar dengan rutin. Kegiatan ini juga dihadiri oleh WR-3 IAIN Padangsidimpuan Dr. Ikhwanuddin Harahap, M.Ag.